天下回回住得偏，滩边河边马路边，还有城堡外圈圈。
——回族谚语
花剌子模帝国马雷人阿巴斯的后代绝大多数在东乡的龙家梁务农。其中一个叫马文禄的走出了东乡，来到太子山区生活。
太子山动植物资源十分丰富，不仅盛产很多名贵的中药材，而且还有雪豹、林麝、苏门羚和胡兀鹫、苍鹰、蓝马鸡等禽兽。
马文禄靠山吃山，以打猎为生。他为人善良，喜欢接济周围的穷人，受到人们的爱戴，成为太子山区猎户们的领袖。
由于陕西和甘肃东部发生了回回起义，官府对刀枪等武器实行管制，严重影响到猎户们的生活。
马文禄于是带领猎户们来到西宁一带打猎为生。
不久，西宁府又爆发了起义。
马文禄为了生活只好离开西宁，穿过祁连山的交通关口扁都口，进入了宽阔的河西走廊，来到肃州西南160余里的青头山，在山上搭起帐篷，继续以捕猎为生。
马文禄把猎到的山货拿到肃州的市场上交易，因此经常来到肃州城，与城里的回回人多有来往。
肃州位于河西走廊的中西部，祁连山的北麓，自古以来是丝绸之路上的历史文化名城和中原通往西域的交通枢纽。
秦汉以前，羌人和戎人是这里的土著居民。羌人主要指月支，戎即乌孙的转音。乌孙最早住在甘州（即今天的张掖）以西靠祁连山一带。月氏住在甘州以东的地区。后来，月氏赶走了乌孙，独占了整个河西。
汉代，月氏在匈奴的逼迫下也退出了河西，迁徙到伊犁河上游，征服了那里的塞种人，并且留居下来。史称大月氏。史称留在敦煌、祁连的月支为小月氏。此后的50多年时间，肃州一带是匈奴人的游牧之地，称为匈奴右地。公元前121年，霍去病进军河西，把匈奴的残部赶到玉门关以外。西汉把中原的几十万汉人移民到河西定居。公元前106年，肃州以城下有泉、其水若酒得名酒泉，设立了酒泉郡。
602年，隋文帝撤酒泉郡，仅存州、县两级，改酒泉镇为肃州。624年，唐高祖设置酒泉县。763年至852年，吐蕃人占据酒泉。唐末至五代时期，酒泉又落入回鹘人的手中。大宋时期，酒泉归属西夏。西夏败亡以后，蒙古拥有酒泉并改设肃州路。大明设置肃州卫。大清时期，改置为肃州直隶州。
1856年，甘州提督回回人索文带人押解官府的5万两饷银前往迪化（今天的乌鲁木齐），走到嘉峪关外的惠回堡被南山的吐蕃人打劫了。
于是，官府在惠回堡修建关卡，建立了一座哨所，保障河西通往回疆的交通安全。官府贴出公告，向周边的老百姓征召哨兵，由肃州镇台府发放薪饷。
马文禄进城的时候看到了公告。他心里想道，如今山里的野兽越来越稀少了，猎户的日子也越来越难过了。不如带领猎户们下山当哨兵，每个月还有固定的收入。
他带领200多个的猎户走下青头山，参加了官府的守卫队，来到惠回堡驻守哨所。马文禄被索文任命为一名小军官。
猎户们从前自由散漫惯了，不愿意接受军队纪律的约束，逐渐和官府产生了矛盾，经常发生一些小的冲突，但是，闹事都被官府镇压下去了。
随着陕甘回回起义的蔓延，回疆也爆发了人民反清的起义。肃州的回回人受到了很大的鼓舞。
1865年3月，凉州（今天的威武）的回回老百姓不堪忍受镇守官米殿策的残酷压榨，奋起杀死了他和他的亲属。但是，起义随即被清军镇压了。
凉州回回人起义失败的消息传开，河西走廊各州县的回回老百姓大为震惊。甘州永固堡洪水营的回回人首先起来造反。肃州府的高台、安西、敦煌、玉门等县的回回人也暗自武装，待机举兵。
河西地区顿时陷入一片紧张的气氛中。
这时候，肃州的大部分镇标官兵都在回疆平定起义。城里的守防非常空虚。老百姓准备造反的情绪越来越高。城里的气氛日趋紧张。
肃州镇台成桂认为不能坐待以毙，主张先发制人，以武力恐吓的手段压制跃跃欲试的老百姓。知州陈墉则不同意成桂的意见，而是希望采取和议，缓和尖锐的矛盾。
3月，马文禄带着惠回堡哨所的200多个猎户来到肃州镇台府，索要前任镇总兵德祥扣发的工资。
镇台府推三阻四，没有妥善地解决好矛盾，引起了猎户们的强烈不满。
马文禄带领猎户们向西攻打嘉峪关，杀死了关上巡检张开禧等人，占领了交通重镇嘉峪关。
第二天，他们联系上青头山上的各路猎户，分头向肃州集结，准备发动起义。
成桂获悉消息以后感觉问题严重了，立刻增加了守城的兵力，紧闭城门，在东城的门楼上架设了一门将军炮。炮口直指回回人聚居的东关。
东关的老百姓一再请求州府给予保护。
当天中午，陈墉私自乘坐轿子来到东关视察，趁机打探起义传言的虚实，被老百姓们热情地挽留，以好吃好喝的款待。
等到天色变黑以后，东关的起义军将东、南、北三个哨所门上的铁锁砸坏，给潜伏在城外的马文禄等打开了哨门。
马文禄悄悄地坐上陈墉的轿子，假装是陈墉，由起义士兵抬着回城。
邻近城门的时候，抬轿的起义军远远地大声喝道：“快开门！陈大人要回府了。”
城楼上的士兵不敢怠慢，急忙跑下城楼开门。
厚实沉重的城门刚刚打开，潜藏在东关两侧廊庑下的起义军一拥而入，叫杀声像震天的惊雷。四面的暗哨也放火接应。肃州镇标军中的回回士兵也忽然倒戈。
道台桓龄听说东关出事了，急忙率领数十人前去处理。
起义军却像潮水一般向城里涌了过来。
恒龄被迎面而来的子弹当场打死。他的随从人员也全部战死。大部分衣衫不整的清军在混乱中被起义军击溃。
官府的团练又冲了过来与起义军搏斗，但是，寡不敌众，大部分都战死了。
成桂站在挂着“声震华夷”巨大木匾的钟楼上目睹了惨烈的战斗，心中惊慌失措。他知道已经无力回天，只好放弃了肃州，仓皇地向东逃往甘州。
天亮以后，起义军占领了肃州全城。
乡下的地主武装为了防止起义军出城袭扰，团结起来组织联防，多次联合攻打肃州城，但是都被起义军击溃了。
起义军经常出城攻击附近的清军和地方团练，甚至到达了金塔县城。
甘肃提督杨占鳌和迪化提督成禄经过商议，决定还是招抚肃州的起义军。
马文禄借机邀请杨占鳌到肃州城下谈判。
杨占鳌刚来到城下就被一拥而上的起义军挟持到了肃州城。
马文禄以杨占鳌为人质，威胁成禄率领清军后退到高台，并要求归附朝廷。
成禄不得已答应了。
省署督军穆图接到成禄的请示，批准了起义军的归附，委任马文禄为掌管肃州的军事主帅，并且给他改名为马忠良。
成禄撤退到高台，每天观戏享乐，勒索高台的民众，不愿出关回到回疆，无辜杀害老百姓，还谎称大获全胜。
马文禄接受安抚后暗自充实兵力，扩建军事阵地，打算继续与清军对抗。他多次带兵进取玉门、安西、敦煌三县，西出嘉峪关，出击额济纳，抢劫蒙古土尔扈特财物。
他们最远深入到科布多城（位于今天蒙古国的西部）。马文禄在科布多遇到了巴德尔的后代吉日木图的有力反击，最后悻悻地退兵。
左宗棠平定了关中和陇东的起义，指挥大军向西逼进，先派总兵徐占彪率领12营大军从固原向肃州进发。
徐占彪攻克肃州城西南的塔尔湾堡，连下起义军12座营垒，进军到肃州城下。
起义军死伤惨重。
清军连日攻城。
马文禄在战斗中受伤，派人出城求和。
徐占彪认为是起义军的缓兵之计，未允准。
六月初六，6000多起义军身穿白衣，头扎白巾，鼓嗓喊叫直扑城外。
清军凭借洋枪洋炮，击退了起义军，夺取了一些营垒。
马文禄只好派人向回疆和西宁府的起义军求援。
迪化红庙子起义军首领妥得璘派千余人入城助守。西宁方面也派来陕西起义军毕大才进援肃州。
马文禄被妥得璘封为元帅。他先后招纳甘州、沙州和西退的起义军编为六个营。沙州两营坚守城北。甘州营驻守城东。肃州营驻守东关。西宁营驻守城南。循化撒拉尔营驻城内。
1873年2月，乘胜追击的左宗棠大量向肃州增兵，使包围肃州城的清军达到了60多个营，对肃州的包围圈已经形成。左宗棠又兰州拉运来一批新式大炮支援肃州。
在清军的追杀下，穆和迈跟随从白彦虎等陕西关中和甘肃金积堡、河州、西宁等地败退下来的起义军不断西撤，从甘州攻破抚夷城(今天甘肃临泽县蓼泉镇)和高台的各屯堡，汇集到了肃州一带。
白彦虎率军多次进攻肃州城外官军，都被清军截击，难以入城与马文禄会合。
白彦虎多次进攻无效，率领残部向西退出嘉峪关，向回疆逃亡。
清军集中兵力在肃州城外挖掘壕沟，修筑土墙，架设木栅栏，将肃州城包围得严严实实。里面的人出不来。外面的粮食也进不去。
围困长达8个多月的肃州城里粮食终于断绝了。
起义军只好宰杀骑兵的军马充饥。军马吃完了，再吃树皮和麦糠。他们揪光了肃州城里大小树木的叶子，撕完了树上的嫩皮。即使这样，起义军坚决不投降。
左宗棠用地雷炸开东北城角的缺口，在西南及东南城角暗掘地道，用棺材装满炸药埋在城下，又在城南用大炮猛烈轰击，炸得起义军血肉横飞。
起义军人心大乱。每天从肃州城中潜逃出来投降的回汉老百姓多达数百人。
左宗棠派遣投降的回回首领向城里的起义军官兵喊话，劝说他们出来投降，官府优待俘虏，给他们发放粮食和回家的路费。
马文禄看到形势日益恶化，起义的前途黯淡渺茫，思想开始出现了动摇。
11月4日，马文禄为了保存起义军将士的性命，毅然决定投降，派人送书信到清军大营。
左宗棠允准，要求马文禄先交出武器、马匹和回回人的花名册。
马文禄立即整理17000余件武器和人员花名册，率领起义将领出城，前往左宗棠的大营投降。
左宗棠下令将马文禄等9名将领全部捉拿，关入监狱。
他又命令按照花名册清点起义军人数。甘州籍1营800余人出东城门，由宋庆点验分管理。沙州籍2营700余人由北营金顺点验分管。西宁猎户1营500余人由徐占彪接管。循化撒拉营由刘锦棠监管。
各军接受的起义军按男女分别安置在附近空庄废堡里暂住，听候发落。肃州本地的6300多名起义军士兵留在东关。
肃州城里原有居民5万多人，经过9年的战乱只剩下了数千人。
阴历九月二十三日的午后，左宗棠下令将马文禄等9个部将斩首，其余的起义军士兵大多予以遣散。
陕甘起义军仅存的最后一个基地经过马文禄长达9年的坚守最终沦陷了。陕甘回回人反清的大起义就此拉上了剧终的大幕。
这场战争给陕甘两省的人民造成了巨大的灾难和伤害。
战前，陕西的人口为1394万，甘肃的人口为1945万人。在战乱、灾荒和瘟疫的蹂躏下，陕西损失的回汉人口达622万人，甘肃(包括今宁夏、青海西宁市和海东市)损失的回汉人口接近1400万。清军在金积堡杀害5万多人起义将士，在西宁杀害了近1万人，在肃州杀害了2万多人……
朝廷对陕甘反清起义军采取了历代封建王朝的的旧模式“斩草除根”。1867年10月份，刑部主事王柏心还在激战犹酣的时候写信向左宗棠出谋划策：“我认为要除掉回回人中勇敢和狡黠的人。剩下的既然不能全杀光，等到他们畏惧投降以后，派军队将他们迁移到西宁、甘南或者延安、榆林的边外，单独设立回回村，不能与汉人杂居。”
他建议道：“挑选他们中忠诚老实的人组成维持队自己管理自己，以后不要再出来生事了。这样就可以保证长治久安了。”
正如王柏心所言，朝廷对参加起义的群众强制进行发配性的迁徙。朝廷把1万多陕西起义军的亲属强行安置在平凉与华亭交界的化平川、圣女川等地，稍后又把3000多甘肃起义军的家属押解到附近的荒凉之地。朝廷还分两次将3万多关中回回人迁移到甘肃的平凉、清水、秦安、安定等偏远地区，把肃州城里支持起义军的回回老百姓全部赶出了城市。
被强制迁离家园的老百姓的家资和田产或者充公分配给他人，或者放上一把火烧毁。当老百姓提出返回原籍的正当要求时，朝廷严厉地表态：“概不准逆贼再行入境。”
安置在战乱中流离失所的老百姓，同样是到处安插，却采取了不同的标准：汉人可以在靠近城市和道路等生活方便的地方安家。回人必须要打散安置，以便达到拆散族群、孤单势力、没收权力的久远之图。
起义军的亲属被强行安置在自然条件较差荒僻和偏远的地区，多半在“贫苦甲天下”的甘肃中部干旱地区，甚至是干旱地区中条件最恶劣的山川。这里气候干燥，土地贫瘠，水源匮乏。一贫如洗的回回老百姓来到这里，只能在山坡上挖个窑洞栖身，苦寒无比。
马占鳌不仅协助清军扑灭了西宁和肃州两地的起义，而且忠实地履行朝廷代理人的职责，一家独大。马占鳌和他的后代是除朝廷之外镇压起义军最大的受益者。他和马海晏、马千龄等人一同收编为清军的河州镇马队，担任了指挥长官，归属董福祥的甘军。去世以后，他的职务由儿子马安良接任。
马海晏在平定西北各地的起义中也是屡建战功，升为副旗。他的两个儿子马奇、马林和孙子马芳后来先后统治西北，权倾一方。
民国期间的宁夏马家军和青海马家军的兴起，都与马占鳌和马海晏有着直接的关系。确切地说，马占鳌和马海晏为马家打开了通向权力的大门。
与此同时，俄国依靠先进的火器和制度上的优越性，控制了哈萨克草原，征服了乌兹别克人建立的浩罕、布哈拉和希瓦3个独立汗国，最后渡过阿姆河，控制了土库曼人的家园，与英国私分了塔吉克人和吉尔吉斯人的帕米尔高原，完成了对花剌子模故地390万平方公里的征服。
俄国和大清两大帝国瓜分了中亚和回疆地区。
——回族谚语
花剌子模帝国马雷人阿巴斯的后代绝大多数在东乡的龙家梁务农。其中一个叫马文禄的走出了东乡，来到太子山区生活。
太子山动植物资源十分丰富，不仅盛产很多名贵的中药材，而且还有雪豹、林麝、苏门羚和胡兀鹫、苍鹰、蓝马鸡等禽兽。
马文禄靠山吃山，以打猎为生。他为人善良，喜欢接济周围的穷人，受到人们的爱戴，成为太子山区猎户们的领袖。
由于陕西和甘肃东部发生了回回起义，官府对刀枪等武器实行管制，严重影响到猎户们的生活。
马文禄于是带领猎户们来到西宁一带打猎为生。
不久，西宁府又爆发了起义。
马文禄为了生活只好离开西宁，穿过祁连山的交通关口扁都口，进入了宽阔的河西走廊，来到肃州西南160余里的青头山，在山上搭起帐篷，继续以捕猎为生。
马文禄把猎到的山货拿到肃州的市场上交易，因此经常来到肃州城，与城里的回回人多有来往。
肃州位于河西走廊的中西部，祁连山的北麓，自古以来是丝绸之路上的历史文化名城和中原通往西域的交通枢纽。
秦汉以前，羌人和戎人是这里的土著居民。羌人主要指月支，戎即乌孙的转音。乌孙最早住在甘州（即今天的张掖）以西靠祁连山一带。月氏住在甘州以东的地区。后来，月氏赶走了乌孙，独占了整个河西。
汉代，月氏在匈奴的逼迫下也退出了河西，迁徙到伊犁河上游，征服了那里的塞种人，并且留居下来。史称大月氏。史称留在敦煌、祁连的月支为小月氏。此后的50多年时间，肃州一带是匈奴人的游牧之地，称为匈奴右地。公元前121年，霍去病进军河西，把匈奴的残部赶到玉门关以外。西汉把中原的几十万汉人移民到河西定居。公元前106年，肃州以城下有泉、其水若酒得名酒泉，设立了酒泉郡。
602年，隋文帝撤酒泉郡，仅存州、县两级，改酒泉镇为肃州。624年，唐高祖设置酒泉县。763年至852年，吐蕃人占据酒泉。唐末至五代时期，酒泉又落入回鹘人的手中。大宋时期，酒泉归属西夏。西夏败亡以后，蒙古拥有酒泉并改设肃州路。大明设置肃州卫。大清时期，改置为肃州直隶州。
1856年，甘州提督回回人索文带人押解官府的5万两饷银前往迪化（今天的乌鲁木齐），走到嘉峪关外的惠回堡被南山的吐蕃人打劫了。
于是，官府在惠回堡修建关卡，建立了一座哨所，保障河西通往回疆的交通安全。官府贴出公告，向周边的老百姓征召哨兵，由肃州镇台府发放薪饷。
马文禄进城的时候看到了公告。他心里想道，如今山里的野兽越来越稀少了，猎户的日子也越来越难过了。不如带领猎户们下山当哨兵，每个月还有固定的收入。
他带领200多个的猎户走下青头山，参加了官府的守卫队，来到惠回堡驻守哨所。马文禄被索文任命为一名小军官。
猎户们从前自由散漫惯了，不愿意接受军队纪律的约束，逐渐和官府产生了矛盾，经常发生一些小的冲突，但是，闹事都被官府镇压下去了。
随着陕甘回回起义的蔓延，回疆也爆发了人民反清的起义。肃州的回回人受到了很大的鼓舞。
1865年3月，凉州（今天的威武）的回回老百姓不堪忍受镇守官米殿策的残酷压榨，奋起杀死了他和他的亲属。但是，起义随即被清军镇压了。
凉州回回人起义失败的消息传开，河西走廊各州县的回回老百姓大为震惊。甘州永固堡洪水营的回回人首先起来造反。肃州府的高台、安西、敦煌、玉门等县的回回人也暗自武装，待机举兵。
河西地区顿时陷入一片紧张的气氛中。
这时候，肃州的大部分镇标官兵都在回疆平定起义。城里的守防非常空虚。老百姓准备造反的情绪越来越高。城里的气氛日趋紧张。
肃州镇台成桂认为不能坐待以毙，主张先发制人，以武力恐吓的手段压制跃跃欲试的老百姓。知州陈墉则不同意成桂的意见，而是希望采取和议，缓和尖锐的矛盾。
3月，马文禄带着惠回堡哨所的200多个猎户来到肃州镇台府，索要前任镇总兵德祥扣发的工资。
镇台府推三阻四，没有妥善地解决好矛盾，引起了猎户们的强烈不满。
马文禄带领猎户们向西攻打嘉峪关，杀死了关上巡检张开禧等人，占领了交通重镇嘉峪关。
第二天，他们联系上青头山上的各路猎户，分头向肃州集结，准备发动起义。
成桂获悉消息以后感觉问题严重了，立刻增加了守城的兵力，紧闭城门，在东城的门楼上架设了一门将军炮。炮口直指回回人聚居的东关。
东关的老百姓一再请求州府给予保护。
当天中午，陈墉私自乘坐轿子来到东关视察，趁机打探起义传言的虚实，被老百姓们热情地挽留，以好吃好喝的款待。
等到天色变黑以后，东关的起义军将东、南、北三个哨所门上的铁锁砸坏，给潜伏在城外的马文禄等打开了哨门。
马文禄悄悄地坐上陈墉的轿子，假装是陈墉，由起义士兵抬着回城。
邻近城门的时候，抬轿的起义军远远地大声喝道：“快开门！陈大人要回府了。”
城楼上的士兵不敢怠慢，急忙跑下城楼开门。
厚实沉重的城门刚刚打开，潜藏在东关两侧廊庑下的起义军一拥而入，叫杀声像震天的惊雷。四面的暗哨也放火接应。肃州镇标军中的回回士兵也忽然倒戈。
道台桓龄听说东关出事了，急忙率领数十人前去处理。
起义军却像潮水一般向城里涌了过来。
恒龄被迎面而来的子弹当场打死。他的随从人员也全部战死。大部分衣衫不整的清军在混乱中被起义军击溃。
官府的团练又冲了过来与起义军搏斗，但是，寡不敌众，大部分都战死了。
成桂站在挂着“声震华夷”巨大木匾的钟楼上目睹了惨烈的战斗，心中惊慌失措。他知道已经无力回天，只好放弃了肃州，仓皇地向东逃往甘州。
天亮以后，起义军占领了肃州全城。
乡下的地主武装为了防止起义军出城袭扰，团结起来组织联防，多次联合攻打肃州城，但是都被起义军击溃了。
起义军经常出城攻击附近的清军和地方团练，甚至到达了金塔县城。
甘肃提督杨占鳌和迪化提督成禄经过商议，决定还是招抚肃州的起义军。
马文禄借机邀请杨占鳌到肃州城下谈判。
杨占鳌刚来到城下就被一拥而上的起义军挟持到了肃州城。
马文禄以杨占鳌为人质，威胁成禄率领清军后退到高台，并要求归附朝廷。
成禄不得已答应了。
省署督军穆图接到成禄的请示，批准了起义军的归附，委任马文禄为掌管肃州的军事主帅，并且给他改名为马忠良。
成禄撤退到高台，每天观戏享乐，勒索高台的民众，不愿出关回到回疆，无辜杀害老百姓，还谎称大获全胜。
马文禄接受安抚后暗自充实兵力，扩建军事阵地，打算继续与清军对抗。他多次带兵进取玉门、安西、敦煌三县，西出嘉峪关，出击额济纳，抢劫蒙古土尔扈特财物。
他们最远深入到科布多城（位于今天蒙古国的西部）。马文禄在科布多遇到了巴德尔的后代吉日木图的有力反击，最后悻悻地退兵。
左宗棠平定了关中和陇东的起义，指挥大军向西逼进，先派总兵徐占彪率领12营大军从固原向肃州进发。
徐占彪攻克肃州城西南的塔尔湾堡，连下起义军12座营垒，进军到肃州城下。
起义军死伤惨重。
清军连日攻城。
马文禄在战斗中受伤，派人出城求和。
徐占彪认为是起义军的缓兵之计，未允准。
六月初六，6000多起义军身穿白衣，头扎白巾，鼓嗓喊叫直扑城外。
清军凭借洋枪洋炮，击退了起义军，夺取了一些营垒。
马文禄只好派人向回疆和西宁府的起义军求援。
迪化红庙子起义军首领妥得璘派千余人入城助守。西宁方面也派来陕西起义军毕大才进援肃州。
马文禄被妥得璘封为元帅。他先后招纳甘州、沙州和西退的起义军编为六个营。沙州两营坚守城北。甘州营驻守城东。肃州营驻守东关。西宁营驻守城南。循化撒拉尔营驻城内。
1873年2月，乘胜追击的左宗棠大量向肃州增兵，使包围肃州城的清军达到了60多个营，对肃州的包围圈已经形成。左宗棠又兰州拉运来一批新式大炮支援肃州。
在清军的追杀下，穆和迈跟随从白彦虎等陕西关中和甘肃金积堡、河州、西宁等地败退下来的起义军不断西撤，从甘州攻破抚夷城(今天甘肃临泽县蓼泉镇)和高台的各屯堡，汇集到了肃州一带。
白彦虎率军多次进攻肃州城外官军，都被清军截击，难以入城与马文禄会合。
白彦虎多次进攻无效，率领残部向西退出嘉峪关，向回疆逃亡。
清军集中兵力在肃州城外挖掘壕沟，修筑土墙，架设木栅栏，将肃州城包围得严严实实。里面的人出不来。外面的粮食也进不去。
围困长达8个多月的肃州城里粮食终于断绝了。
起义军只好宰杀骑兵的军马充饥。军马吃完了，再吃树皮和麦糠。他们揪光了肃州城里大小树木的叶子，撕完了树上的嫩皮。即使这样，起义军坚决不投降。
左宗棠用地雷炸开东北城角的缺口，在西南及东南城角暗掘地道，用棺材装满炸药埋在城下，又在城南用大炮猛烈轰击，炸得起义军血肉横飞。
起义军人心大乱。每天从肃州城中潜逃出来投降的回汉老百姓多达数百人。
左宗棠派遣投降的回回首领向城里的起义军官兵喊话，劝说他们出来投降，官府优待俘虏，给他们发放粮食和回家的路费。
马文禄看到形势日益恶化，起义的前途黯淡渺茫，思想开始出现了动摇。
11月4日，马文禄为了保存起义军将士的性命，毅然决定投降，派人送书信到清军大营。
左宗棠允准，要求马文禄先交出武器、马匹和回回人的花名册。
马文禄立即整理17000余件武器和人员花名册，率领起义将领出城，前往左宗棠的大营投降。
左宗棠下令将马文禄等9名将领全部捉拿，关入监狱。
他又命令按照花名册清点起义军人数。甘州籍1营800余人出东城门，由宋庆点验分管理。沙州籍2营700余人由北营金顺点验分管。西宁猎户1营500余人由徐占彪接管。循化撒拉营由刘锦棠监管。
各军接受的起义军按男女分别安置在附近空庄废堡里暂住，听候发落。肃州本地的6300多名起义军士兵留在东关。
肃州城里原有居民5万多人，经过9年的战乱只剩下了数千人。
阴历九月二十三日的午后，左宗棠下令将马文禄等9个部将斩首，其余的起义军士兵大多予以遣散。
陕甘起义军仅存的最后一个基地经过马文禄长达9年的坚守最终沦陷了。陕甘回回人反清的大起义就此拉上了剧终的大幕。
这场战争给陕甘两省的人民造成了巨大的灾难和伤害。
战前，陕西的人口为1394万，甘肃的人口为1945万人。在战乱、灾荒和瘟疫的蹂躏下，陕西损失的回汉人口达622万人，甘肃(包括今宁夏、青海西宁市和海东市)损失的回汉人口接近1400万。清军在金积堡杀害5万多人起义将士，在西宁杀害了近1万人，在肃州杀害了2万多人……
朝廷对陕甘反清起义军采取了历代封建王朝的的旧模式“斩草除根”。1867年10月份，刑部主事王柏心还在激战犹酣的时候写信向左宗棠出谋划策：“我认为要除掉回回人中勇敢和狡黠的人。剩下的既然不能全杀光，等到他们畏惧投降以后，派军队将他们迁移到西宁、甘南或者延安、榆林的边外，单独设立回回村，不能与汉人杂居。”
他建议道：“挑选他们中忠诚老实的人组成维持队自己管理自己，以后不要再出来生事了。这样就可以保证长治久安了。”
正如王柏心所言，朝廷对参加起义的群众强制进行发配性的迁徙。朝廷把1万多陕西起义军的亲属强行安置在平凉与华亭交界的化平川、圣女川等地，稍后又把3000多甘肃起义军的家属押解到附近的荒凉之地。朝廷还分两次将3万多关中回回人迁移到甘肃的平凉、清水、秦安、安定等偏远地区，把肃州城里支持起义军的回回老百姓全部赶出了城市。
被强制迁离家园的老百姓的家资和田产或者充公分配给他人，或者放上一把火烧毁。当老百姓提出返回原籍的正当要求时，朝廷严厉地表态：“概不准逆贼再行入境。”
安置在战乱中流离失所的老百姓，同样是到处安插，却采取了不同的标准：汉人可以在靠近城市和道路等生活方便的地方安家。回人必须要打散安置，以便达到拆散族群、孤单势力、没收权力的久远之图。
起义军的亲属被强行安置在自然条件较差荒僻和偏远的地区，多半在“贫苦甲天下”的甘肃中部干旱地区，甚至是干旱地区中条件最恶劣的山川。这里气候干燥，土地贫瘠，水源匮乏。一贫如洗的回回老百姓来到这里，只能在山坡上挖个窑洞栖身，苦寒无比。
马占鳌不仅协助清军扑灭了西宁和肃州两地的起义，而且忠实地履行朝廷代理人的职责，一家独大。马占鳌和他的后代是除朝廷之外镇压起义军最大的受益者。他和马海晏、马千龄等人一同收编为清军的河州镇马队，担任了指挥长官，归属董福祥的甘军。去世以后，他的职务由儿子马安良接任。
马海晏在平定西北各地的起义中也是屡建战功，升为副旗。他的两个儿子马奇、马林和孙子马芳后来先后统治西北，权倾一方。
民国期间的宁夏马家军和青海马家军的兴起，都与马占鳌和马海晏有着直接的关系。确切地说，马占鳌和马海晏为马家打开了通向权力的大门。
与此同时，俄国依靠先进的火器和制度上的优越性，控制了哈萨克草原，征服了乌兹别克人建立的浩罕、布哈拉和希瓦3个独立汗国，最后渡过阿姆河，控制了土库曼人的家园，与英国私分了塔吉克人和吉尔吉斯人的帕米尔高原，完成了对花剌子模故地390万平方公里的征服。
俄国和大清两大帝国瓜分了中亚和回疆地区。